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João Marcos Alves Ferreira, nascido em 24 de junho de 1981, em Marília, São Paulo, iniciou sua carreira no futebol nas categorias de base do São Paulo Futebol Clube.
Em 2001, João Marcos foi promovido ao time principal do São Paulo, onde permaneceu até 2004. Durante esse período, conquistou o Campeonato Paulista (2002) e a Copa Libertadores da América (2005).
Após deixar o São Paulo, João Marcos passou por diversos clubes brasileiros, incluindo Santos, Atlético Mineiro, Internacional e Ceará Sporting Club. No Ceará, atuou de 2010 a 2012, conquistando o Campeonato Cearense (2011).
João Marcos foi convocado para a Seleção Brasileira Sub-20 em 2001, disputando o Campeonato Mundial da categoria.
João Marcos se aposentou do futebol profissional em 2016, após uma carreira de 15 anos.